Счета фактуры

Счет-фактура - это в первую очередь налоговый документ, так как именно на его основе производятся взаиморасчеты между какой-либо из сторон сделки с ГОСУДАРСТВОМ в части НДС и именно по счф (упрощенно) строится такой налоговый реестр как книга продаж/покупок.

Счет-фактура в общем случае не является документом, описывающим взаимоотношения поставщика и покупателя в части каких-либо обязательств/взаиморасчетов.
Однако, для кучи западных систем, пришедших на наш рынок, разграничение документов на (условно) ТОРГ12 и СЧФ является несвойственным/совершенно чуждым (как и прочие реалии нашей страны . Поэтому многие покупатели взаиморасчеты идентифицируют по счет-фактурам. Соответветсвенно, счф обычно является обязательной составной частью пакета документов, оформляемых при отгрузке (передаче права собственности).

Обрабатывать или не обрабатывать СЧФ логисту - зависит от регламентов компании. Трудности  обработке я вообщем не вижу, так как документ строго формализован, и его обработка сводится к распечатке нужного количества экземпляров и подписи.
Следует иметь в виду, что если логист подписывает какие-либо документы, выходящие "наружу" за пределы компании - на такого логиста должен быть приказ по организации на право подписи конкретных видов документов.

Болезненным вопросом является попытка спихивания бухгалтерией вопросов документооборота (его исправления в случае проблем) на другие подразделения. Например: логист подписал документ счф, все ок, спустя какое-то время выяснилось - в документе были неверные реквизиты (ну не проставили ответсвенные лица какие нить вовремя смену КПП у клиента, или грузополучателя не того указали). Вопрос - должен ли логсит переделывать такие документы? Мое мнение - нет. Логист отвечает лишь за выпуск ОПЕРАТИВНЫХ документов, сопровождающих сделку.

Следует понимать, что по сути логист, подписывая СЧФ - является простым оператором, ибо он не входит в состав бухгалтерии/менеджеров продаж и не компетентен делать заключения о правильности/неправильности документа, его реквизитов, сумм итд.
Поэтому я все-таки посоветовал бы явно в должностных обязанностях оговорить, за что конкретно отвечает логист, подписывая счф - и здесь вас ждет немало интересных  и веселых минут...

Успехов!